Aby usunąć zainstalowaną aplikację, należy z poziomu ekranu głównego biblioteki Softaculous przejść do listy wszystkich instalacji. Najprościej to zrobić, wybierając z listy ikon tę w prawym górnym rogu ekranu - All Instalations.

Kolejny krok to wybranie z listy wszystkich zainstalowanych aplikacji tej do usunięcia i kliknięcie ikony oznaczonej czerwonym krzyżykiem (Remove) w kolumnie Options.

W kolejnym oknie będzie możliwe wybór elementów, które mają zostać usunięte. Są to:
- katalog, w którym jest zainstalowana aplikacja (Remove Direcotory),
- baza danych, z której korzysta aplikacja (Remove Database),
- użytkownik bazy danych, z której korzysta aplikacja (Remove Database User).
